Premium Die Auflösung von cis-/trans-Ambiguitäten

Beispiele für Besonderheiten bei der HLA-Typisierung (Teil 1)

Die Übertragung (Transplantation) von gesunden Knochenmark- oder Blutstammzellen ist bei bestimmten hämatologischen Erkrankungen, wie zum Beispiel Leukämien, oft die einzige Chance für die betroffenen Patienten geheilt zu werden.

Cis/trans-Ambiguität

Cis/trans-Ambiguität | Lassahn

Zusammenfassung

Bei niedrig auflösenden HLA-Typisierungen können als Ergebnis Ambiguitäten festgestellt werden. Das bedeutet, dass keine eindeutigen oder aber mehrdeutige Ergebnisse erzielt werden. Oft werden Ambiguitäten dadurch verursacht, dass heterozygote Sequenzen an mehr als nur einem möglichen Paar von Allelen mit den Sondenbindungsstellen reagieren können. Hier spricht man von cis-/trans-Ambiguitäten. Standard HLA-Typisierungsverfahren mit Sonden auf der Basis von sequenzspezifi schen Oligonukleotiden (SSO) können diese Mehrdeutigkeiten aufgrund der begrenzten Anzahl und Länge der Sonden nicht auflösen. Auch locus-spezifische Amplifikation von Zielgenen erlauben keine Trennung der einzelnen Haplotypen. Um diesen Nachteil zu überwinden, wurden dafür sogenannte Tandem-Sonden entwickelt, die zwei sequenzspezifische Bindungsstellen besitzen, die durch einen nicht-spezifi schen Linker überbrückt werden. So verfügt das OneLambda LABTypeTMKit rSSO 1A (Lot 14) beispielsweise über 14 Tandem- und 56 Standard-Sonden. Tandem-Sonden sollen nur positiv richtig reagieren, wenn beide sequenzspezifischen Sonden mit den zwei entsprechenden Sequenzen auf einem Allel hybridisieren. Sie können aber auch zu falsch-positiven oder falsch-negativen Reaktionen durch unsachgemäße Bindung an die Ziel-DNA führen. Anhand von Beispielen werden die einzelnen Reaktionstypen dargestellt und erklärt. Darüber hinaus wird analysiert, ob Tandem-Sonden für falsche Reaktionen anfälliger sind als Standard-Sonden. Schließlich werden für die Qualitätssicherung wichtige Softwareanalysewerkzeuge wie Cutof Adjustment oder Bead Exclusion Reports benannt.

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