B.1.1.7: Kommerzieller PCR-Assay erkennt Variante

Der SARS-CoV-2 Nachweis per PCR ist der Goldstandard, um eine COVID-19-Infektion festzustellen. Um ein eindeutiges Ergebnis zu gewährleisten, werden dabei mindestens zwei, oft sogar drei Zielregionen im Genom von SARS-CoV-2 nachgewiesen. Ein Team aus Wissenschaftlern der Paracelsus Medizinischen Privatuniversität Nürnberg, der Ruhr Universität Bochum, dem Universitätsklinikum Erlangen, dem Klinikum Bayreuth sowie dem Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (LGL) hat herausgefunden, dass ein kommerzieller PCR-Test die britische Virusvariante B.1.1.7 anhand einer Änderung im Ct-Wert des N-Gens erkennt (Allplex™ SARS-CoV-2/FluA/FluB/RSV™ PCR assay). Da die anderen Zielgene des Tests nicht betroffen sind, entstehe hierdurch ein charakteristisches Muster, welches einen direkten Hinweis auf die UK-Variante liefere. Dieser Test werde weltweit eingesetzt, daher könnten in vielen Fällen frühe Maßnahmen zur Infektionskontrolle getroffen werden.

Abweichungen bei den spezifischen Zielgenen beobachtet

Im Laborroutinebetrieb fiel seit Februar 2021 bei einer häufig genutzten kommerziellen PCR auf, dass es in einigen SARS-CoV-2-positiven Patientenproben zu einem Sensitivitätsverlust in einem der drei SARS-CoV-2 spezifischen Zielgenen (S, N, RdRp) kam. Dabei entstand eine um bis zu 10 Ct-Werte abweichende Diskrepanz zwischen dem N-Gen und dem S- bzw. dem RdRp-Gen. Des Weiteren fiel bei schwach positiven Proben der Nachweis des N-Gens vollständig aus, während S- und RdRp-Gen weiterhin ohne Sensitivitätsverlust nachgewiesen werden konnten. Durch weitere Charakterisierungen wurden alle betroffenen Proben als britische Variante B.1.1.7 identifiziert. Demgegenüber wiesen alle untersuchten nicht-B.1.1.7 Proben dieses charakteristische Muster nicht auf. Diese einzigartige Beobachtung konnte durch eine größere Anzahl an Proben aus verschiedenen bayerischen Laboren unter Zuhilfenahme von Referenzproben bestätigt werden, so die Forscher.

Experiment bestätigt Routine

Um zu untersuchen, ob dieser Effekt durch eine selten vorkommende und für die britische Variante charakteristische Mutation im N-Gen (D3L) ausgelöst wird, wurde die entsprechende Sequenz im einem „Reverse Genetik Experiment“ hergestellt. Die resultierende Veränderung der Sensitivität des N-Gen Nachweises in diesem Experiment bestätigte die Beobachtungen aus der Routine. Diese Studie konnte zeigen, dass eine kommerzielle SARS-CoV-2 PCR dank eines charakteristischen Musters der Ct-Werte direkt die Variante B.1.1.7 nachweisen kann. Dies besitze für viele Labore, die diesen Test verwenden, eine hohe Relevanz, da dadurch schnelle Maßnahmen sowohl zur Infektionskontrolle im Krankenhaus als auch im öffentlichen Gesundheitsdienst vorgenommen werden können. Des Weiteren könne die Erkenntnis für zukünftige neue „variants of concern“ hilfreich sein, um etwaige Gen-Ausfälle in einem PCR-Test zu detektieren oder gezielt Screening-PCR-Assays zu entwickeln.

Quelle: idw/Paracelsus Medizinische Privatuniversität, Standort Nürnberg